Son utilizados para desarrollar competencias científicas en las áreas de Ciencias Naturales y Didáctico Productivas y actúan como disparador de investigaciones de índole científico-escolar.

El laboratorio de Físico-Química y el laboratorio de Biología (donado por Fundación Cargill), tienen una capacidad para 35 alumnos y están equipados con mesas de trabajo de acero inoxidable, con conexiones independientes de agua, gas y electricidad, además de microscopios, espectrofotómetro, fotómetro, destilador de esencias, balanzas digitales, phímetros digitales, oxímetro, estufa de cultivo, autoclave, entre otros instrumentos específicos para experiencias de física, química, biología. Es importante destacar que el laboratorio de Biología cuenta con un Box de Siembra para desarrollar proyectos específicos de microbiología.

En el laboratorio instalado en de la planta de biodiesel, los estudiantes efectúan los controles pertinentes para garantizar la calidad del combustible.